Kliničar mora uvijek isključiti ne-psihijatrijske uzroke simptoma. Postoji cijeli niz stanja koja se prezentiraju nespecifičnim često prolaznim abnormalnostima u istoj dobnoj skupini (multipla skleroza, mijastenija gravis, sistemski lupus eritematodes, AIDS, akutna intermitentna porfirija, hiperparatireoidizam, hipertireoidizam, kronične sistemske infekcije i dr.). U diferencijalnoj dijagnozi moraju se razmotriti i mnogi psihički poremećaji jer je opservirano da barem 50% bolesnika koji boluju od somatizacijskog poremećaja, istovremeno ima i neki drugi psihički poremećaj.
Treba izbjegavati invazivne dijagnostičke pretrage te kirurške dijagnostičke zahvate. Ako je indicirano mogu se napraviti pretrage koje mogu isključiti somatizacijski poremećaj: hormoni štitnjače, skrining za feokromocitom, analiza urina na psihoaktivne tvari, analize krvi (zbog okultnog alkoholizma), psihologijsko testiranje (negativan MMPI test svakako indicira daljnju potragu za somatski uzrok postojećih simptoma)
