Hipohondrijski poremećaj treba razlikovati od nepsihijatrijskih medicinskih poremećaja, posebno od poremećaja čije simptome nije jednostavno dijagnosticirati, uključujući AIDS, endokrinopatije, mijasteniju gravis, multiplu sklerozu, sistemski lupus eritematodes i okultni neoplastični poremećaj.
Hipohondrijski poremećaj treba razlikovati i od somatizacijskog poremećaja. Kod hipohondrijskog poremećaja izražen je strah od bolesti, dok je kod somatizacijskog poremećaja naglašen niz simptoma. Bolesnik s hipohondrijskim poremećajem ima izraženo manje simptoma od bolesnika sa somatizacijskim poremećajem. Somatizacijski poremećaj javlja se prije 30-te godine, dok hipohondrijski poremećaj ima manje izražene specifične godine kada poremećaj počinje. Bolesnici sa somatizacijskim poremećajem su češće žene, dok je hipohondrijski poremećaj jednako rasprostranjen između žena i muškaraca.
Hipohondrijski poremećaj treba razlikovati i od ostalih somatoformnih poremećaja. Konverzivni poremećaj je obično akutni i općenito prolazni poremećaj koji uključuje jedan simptom češće nego bolest. Prisutnost ili odsutnost "la belle indifference" je često razgraničavajući čimbenik između tih poremećaja. Bolni poremećaj je često kroničan kao i hipohondrijski, ali je ograničen na prisutnost osjećaja boli. Bolesnik s tjelesnim dismorfnim poremećajem želi da izgleda normalno, ali vjeruje da drugi zamjećuju da nije, dok bolesnik sa hipohondrijom naglašava bolest.
Hipohondrijski poremećaj je također prisutan kod bolesnika s depresivnim i anksioznim poremećajem. Ako bolesnik zadovoljava dijagnostičke kriterije za oba poremećaja, hipohondrijski poremećaj i drugi veliki mentalni poremećaj, kao što je depresivni poremećaj ili generalizirani anksiozni poremećaj, treba postaviti obje dijagnoze. Hipohondrijski poremećaj treba razlikovati i od paničnog poremećaja. Pažljivim ispitivanjem kod bolesnika s paničnim poremećajem, čak i kada izražava strah od bolesti (npr. srčane) može se jasno razotkriti simptomatologija paničnog poremećaja.
Sumanuta hipohondrijska uvjerenja prisutna su kod shizofrenije i ostalih psihotičnih poremećaja, a trebaju se razlikovati od hipohondrijskog poremećaja po sumanutoj razini hipohondrijskih simptoma i prema ostalim psihotičnim simptomima. Hipohondrijski simptomi kod shizofrenih bolesnika često su bizarni, idiosinkratični i nesukladni s bolesnikovim kulturološkim okruženjem.
Hipohondrijski poremećaj treba razlikovati od umišljenog i simulirajućeg poremećaja
