Poseban problem je pojava komorbiditeta kod osoba koje koriste psihoaktivne tvari. Oko 70% osoba koje uzimaju psihoaktivne tvari imaju psihičke smetnje koje su izražene u takvom stupnju da se može postaviti dijagnoza nekog drugog psihijatrijskog poremećaja. Poremećaji prouzročeni psihoaktivnim tvarima mogu biti karakterizirani različitim simptomima (npr. anksioznošću) koji sliče primarnim duševnim poremećajima (npr. generalizirani anksiozni poremećaj).
Uzimanje psihoaktivnih tvari javlja se kao komorbiditetna dijagnoza u širokom spektru psihijatrijskih poremećaja. Zloporaba ili ovisnost o psihoaktivnim tvarima javlja se u shizofrenih bolesnika, bolesnika s paničnim poremećajem, velikim depresivnim poremećajem, bipolarnim poremećajem, u osoba s različitim poremećajima ličnosti, itd.. Ova stanja teško je točno ocijeniti u prisustvu postojeće zloporabe psihoaktivnih tvari, koje već same po sebi uzrokuju probleme. Poremećaji prouzročeni psihoaktivnim tvarima moraju se uvijek uzeti u obzir u prosudbi depresije, anksioznosti ili psihotičnih stanja.
