Pravi uzrok multiple skleroze do danas nije poznat. Smatra se da nije uzrokovana samo jednim uzročnikom. Danas je najprihvaćenija teorija da je multipla skleroza uzrokovana kombinacijom djelovanja nekoliko različitih čimbenika kao što su genska predispozicija, okolina i izloženost virusu tijekom djetinjstva.
U vjerojatne uzroke multiple skleroze ubrajaju se i alergijska zbivanja u samom organizmu, a kontroverzna je i teorija o traumi kao mogućem dodatnom čimbeniku nastanka bolesti. Ozljeda glave ili pak emocionalni šok mogući su precipitirajući faktori za pogoršanje bolesti.