Diferencijalno dijagnostički treba razlikovati stanja kada se mogu javiti epileptički napadaji, a da se ne radi o epilepsiji:
- Febrilne konvulzije javljaju se u male djece, u dobi od 3 mjeseca pa do 5. godine života, a posljedica su povišene tjelesne temperature. Najčešće se javljaju za vrijeme naglog rasta temperature i nije utvrđen neki drugi uzrok. Kod manjeg broja bolesnika može se kasnije razviti epilepsija.
- Upale mozga (meningitis, encefalitis) mogu izazvati poneki epileptički napadaj tijekom trajanja bolesti zbog upalnog i kemijskog podražaja moždane kore.
- Kontuzije mozga (nagnječenja) - zbog ozljede mozga često se može javiti epileptički napadaj kao jedan od simptoma bolesti. Kasnije se više ne javlja, osim ako oštećenje mozga prilikom kontuzije ne uzrokuje kronične promjene.
- Moždani udar često može započeti epileptičkim napadajem, a napadi se mogu javiti i u fazi oporavka.
- Metabolički poremećaji poput niske razine šećera u krvi, manjka elektrolita te oštećenja jetre i bubrega mogu izazvati epileptički napadaj.