Disocijativna amnezija mora se razlikovati od amnestičkog poremećaja zbog općeg zdravstvenog stanja gdje je amnezija neposredna fiziološka posljedica neurološkog ili općeg zdravstvenog stanja.
Kod amnestičkog poremećaja zbog ozljede mozga smetnja u prisjećanju obično je retrogradna dok kod disocijativne amnezije prisjećanja su najčešće anterogradna, dok slučajevi sa retrogradnom amnezijom su rijetki. Brzi oporavak izgubljenog pamćenja upućuje na disocijativnu osnovu poremećaja.
Kod poremećaja s napadima grčeva oštećenje pamćenja počinje iznenada i mogu biti prisutne i motoričke nenormalnosti (ponovljeni EEG otkriva aberancije).
Kod delirija i demencije gubitak pamćenja osobnih podataka uključen je u široku osnovicu spoznajnih, jezičnih i govornih, afektivnih, opažajnih poremećaja te poremećaja pažnje i ponašanja, dok kod disocijativne amnezije, gubitak pamćenja primarno se odnosi na autobiografske podatke, dok su spoznajne mogućnosti obično sačuvane. Amnezija povezana sa općim zdravstvenim stanjem najčešće se ne može popraviti.
Kod disocijativne amnezije sposobnost pohranjivanja novih podataka je sačuvana dok kod perzistentnog amnestičkog poremećaja prouzročenog psihoaktivnom tvarima oštećeno je i kratkotrajno pamćenje.
Ako se disocijativna amnezija javlja isključivo tijekom disocijativne fuge ili disocijativnog poremećaja identiteta ne postavlja se dodatna dijagnoza.
Amnezija za traumatski događaj može postojati kod PTSP-a i akutnog stresnog događaja.
Iako ne postoje testovi niti drugi načini ispitivanja koji bi diferencijalno dijagnostički jasno razdijelili disocijativni poremećaj od simuliranja, osobe s disocijativnom amnezijom postižu visoke rezultate na standariziranim testovima hipnotibilnosti, te testovima disocijativnog kapaciteta.
Disocijativna amnezija mora se razlikovati od gubitaka pamćenja povezanih s opadanjem kognitivnog funkcioniranja i nepatološkim oblicima amnezije koji uključuju svakodnevne gubitke pamćenja, posthipnotske amnezije, infantilne i dječje amnezije, te amnezije za razdoblje spavanja i snivanja.
