U diferencijalnom dijagnostičkom postupku valja obratiti pozornost na druge disocijativne poremećaje (psihogenu amneziju, psihogenu fugu), te granični poremećaj ličnosti, shizofreniju, psihotičnu depresiju, simuliranje, umišljeni poremećaj, bipolarni afektivni poremećaj s brzim izmjenama te parcijalnu epilepsiju.
Shizofrenija - uvjerenje pacijenta da ima različite identitete ili da ga drugi kontroliraju može biti sumanutih razmjera, ali formalni poremećaj mišljenja i socijalno propadanje razlikuje shizofreniju od disocijativnog poremećaja identiteta.
Simuliranje - sekundarna dobit mora pobuditi sumnju na dijagnozu. Može pomoći strukturirani intervju.
Umišljeni poremećaj - ovdje postoji obrazac ponašanja sa traženjem pomoći.
Granični poremećaj ličnosti - dio pacijenata s istodobnim graničnim poremećajem ličnosti mogu se dijagnosticirati kao da imaju samo poremećaj ličnosti, budući da se različite ličnosti zamjenjuju za karakterističnu nestabilnost u raspoloženju, ponašanju i međuljudskim odnosima kod pacijenata sa graničnim poremećajem ličnosti.
Bipolarni poremećaj sa brzim izmjenama - simptomi izgledaju slični onim kod disocijativnog poremećaja identiteta, ali bez odjeljenih ličnosti.
Čimbenici koji podupiru dijagnozu disocijativnog poremećaja identiteta jesu: prisutnost izrazite disocijativne simptomatologije s iznenadnim izmjenama stanja ličnosti, reverzibilna amnezija te visoki rezultati na ljestvicama disocijativnosti i podložnosti hipnozi u osoba koje nemaju očitovanja svojstvena drugim duševnim poremećajima.
